真实身份为高中生侦探工藤新一，人称“平成年代的福尔摩斯”、“日本警察的救世主”。他因为试图跟踪黑衣组织成员而被偷袭，并被灌下代号“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成一年级小学生的模样。之后寻求阿笠博士的帮助，在被青梅竹马的女友毛利兰询问其名字时，化名为江户川柯南。在阿笠博士的提议下，寄住于小兰的父亲毛利小五郎家中，不仅解决着各种案件，并且秘密调查黑衣组织。