国家最高领导人，他也参与到黄克功的案件处理中，作为军委主席，面对从井冈山时期就追随自己的黄克功，内心斗争更为激烈。根据当时的历史状况，他完全有权力不把黄克功交给司法机关，改为以军纪军法处置，那样黄克功不仅可以逃过一死，甚至可以免受刑罚。就算交由法院以司法途径解决，按照当时的法律规定，毛泽东作为战时统帅拥有特赦的权利，可以在法律许可下运用特赦权保黄克功一命。黄克功一直期待他的特赦令，最终他给出的是赞成处黄克功以极刑，没有赦免他。